জামিয়ার সার্বিক পরিচালনা এ বিভাগের উপর অর্পিত। এ বিভাগের প্রধানকে মুহতামিম বা পরিচালক ও সহকারীকে নায়েবে মুহতামিম বা সহকারী পরিচালক উপাধিতে ভূষিত করা হয়। 

পরিচালক: হা. মাও. ফজলুল করীম ফেরদাউস দা. বা. (ইংল্যান্ড প্রবাসী) ০১৭৮৪ ৯৬৩১৪০

পরিচালকের অনুপস্থিতিতে পরিচালনা বোর্ড: হা. মাও. আবুল কালাম আজাদ দা. বা.। যোগাযোগ: ০১৭১৫ ৩৯৭৪৬৭

হা. মাও. মুফতি মুঈনুল ইসলাম দা. বা.। যোগাযোগ: ০১৭১৬ ৫৬৭৫৭৭

মাও. জুনাইদ আহমদ দা. বা.। যোগাযোগ: ০১৭০০ ৮৩৬৪৬৩